هنگام بازگشت در حالی که همراه با دو فرزندش مصطفی و مؤمل با خودرو راهی خانه بودند، در میانهٔ راه در نزدیکی میدان ثورة العشرین در ابتدای منطقه الحنانه، یک خودروی آمریکایی با توقف در مقابلشان و پیاده شدن چند جوان مسلح ناشناس، خودروی آنها را به رگبار بستند
در حالي که سيد محمد صدر طبق عادت هميشگي براي شرکت در مجلس تعزيه و عزاداري در منطقه البراني شهر نجف در شب جمعه ۲۹ بهمن ۱۳۷۷ خورشيدي (۲ ذيالقعده ۱۴۱۹ قمري) رفته بود، هنگام بازگشت در حالي که همراه با دو فرزندش مصطفي و مؤمل با خودرو راهي خانه بودند، در ميانهٔ راه در نزديکي ميدان ثورة العشرين در ابتداي منطقه الحنانه، يک خودروي آمريکايي با توقف در مقابلشان و پياده شدن چند جوان مسلح ناشناس، خودروي آنها را به رگبار بستند و هر سه تن آنها جان باختند. پيکر آنان فردايش در ۳۰ بهمن (۳ ذيالقعده)، خاکسپاري شد اما دولت عراق از برگزاري مراسم تشييع پيکر و عزاداري ممانعت به عمل آورد. روزنامه کيهان به نقل از روزنامهٔ القبس کويت در خصوص عاملان اين جنايت نوشته است: «اين ترور توسط يک تيم وابسته به قصي فرزند کوچک صدام صورت گرفت و آنان پس از گلولهباران خودروي حامل شهيد محمد صدر و فرزندانش، پيکر آنان را به محل نامعلومي انتقال دادند.» منبع: کتاب گلشن ابرار تهيه و فرآوري: گروه حوزه عليمه
