در سال ۱۳۶۶ مقرر شده بود که با خانواده به سفر حج تمتع برود. تمام مراحل انجام سفر آماده شد ولی در آخرین لحظات و در فرودگاه عباس بابایی از رفتن به حج صرف نظر کرد. و وقتی با اصرار اطرافیان مواجه شد گفت: «مکه من این مرز و بوم است. مکه من آبهای گرم خلیج فارس و کشتی‌هایی هستند که باید سالم از آن عبور کنند، تا امنیت برقرار نباشد، من مشکل می‌توانم خودم را راضی کنم»
در تاریخ ۱۳۶۶/۵/۱۵ روز عید قربان با یک هواپیمای دو کابینه «اف -۵» عهده دار انجام آخرین مأموریت پروازی خود شد. ولی هنگام بازگشت از بمباران مواضع دشمن، هواپیمایش مورد اصابت گلوله‌های تیربار ضد هوایی قرار گرفت و پس از فرود هواپیما معلوم شد، گلوله‌ها بدنه هواپیما را شکافته و حنجره او را پاره کرده است. بابایی در روز عید قربان ذبیح الله شد.
