این سازمان وظیفه حمایت از سلامت مردم در برابر فراورده‌های آرایشی و بهداشتی و مواد غذایی فرایند شده را دارد و از قاچاق لوازم بهداشتی و آرایشی و همچنین جعل آرم وزارت بهداشت بر روی لوازم، جلوگیری می‌کند.  سازمان غذا و دارو بر تولید، کنترل، صدور مجوزهای بهداشتی محصولات غذایی، آشامیدنی، آرایشي و بهداشتی تولید داخل و وارداتی نظارت دارد تا از کیفیت، ایمنی و سلامت محصول اطمینان حاصل نماید. چگونگی نظارت سازمان غذا و دارو   اکثراً بیمارانی که مبتلا به بیماری‌های خاص هستند، مثلاً بیماران سرطانی تمایل دارند که از داروهای تک‌نسخه‌ای استفاده کنند و دراین‌بین پزشکانی هم هستند که علیرغم ممنوعیت تجویز این داروها، از کارشان دست نمی‌کشند و دارو را تجویزمی کنند. یکی از مسائل مهم در حوزه درمان، تأمین دارو است و نباید به دارو به چشم کالای تجاری نگریست و باید آن را به‌عنوان یک مکمل درمان در نظر گرفت و زمانی که به این کالا نگاه درمانی شود، برنامه‌ریزی‌ها و طراحی‌ها متفاوت خواهد شد. متأسفانه برخی از افراد در حوزه واردات دارو و مواد اولیه دارویی مرتکب تخلفاتی می‌شوند، به‌طوری‌که نمی‌توانند وظایف خود را به‌خوبی اجرا کنند.  همواره یکی از دلایلی که باعث تخلف  در دستگاه ها می‌شود، نبود نظارت دقیق بر آن هاست.  مسلماً در حوزه دارو و داروخانه نهادهایی وجود دارند که باید بر نحوه توزیع دارو در داروخانه‌ها نظارت داشته باشند و اگر کنترل به‌طور دقیق نباشد باعث می‌شود که دارو از داروخانه خارج شود و به‌صورت قاچاق و باقیمت بالا به دست مردم برسد. باید وزارت بهداشت با همکاری سازمان غذا و دارو نظارت خود را بر تولید و واردات دارو زیاد کند تا در این سازمان تخلفات صورت نگیرد . تخلفات داروهای تک نسخه ای یکی دیگر از مشکلات در این حوزه اماواگر بر سر تجویز و یا عدم تجویز داروهای تک‌نسخه‌ای است. داروهای تک‌نسخه‌ای به داروهای وارداتی گفته می‌شود و درصورتی‌که در فهرست دارویی کشور باشد، امکان تجویز را دارند. فهرست رسمی دارویی ایران، هر سه ماه یک‌بار از سوی وزارت بهداشت تدوین و منتشر می‌شود و بر اساس آن، تجویز داروهایی که از فهرست دارویی کشور خارج هستند، تخلف بوده و با فرد متخلف هم بر اساس قانون برخورد خواهد شد. اکثراً بیمارانی که مبتلا به بیماری‌های خاص هستند، مثلاً بیماران سرطانی تمایل دارند که از داروهای تک‌نسخه‌ای استفاده کنند و دراین‌بین پزشکانی هم هستند که علیرغم ممنوعیت تجویز این داروها، از کارشان دست نمی‌کشند و دارو را تجویزمی کنند. شرکت‌هایی که درزمینهٔ داروهای تک‌نسخه‌ای مجوز دارند، توسط سازمان غذا و دارویی شناسایی‌شده‌اند. این شرکت‌ها داروهای تک‌نسخه‌ای که نام آن‌ها در فهرست دارویی کشور وجود دارد را وارد کشور می‌کنند. این شرکت‌های مجاز طی مراحلی داروهای تک‌نسخه‌ای مجاز را که در یک سامانه به آن‌ها اعلام‌شده است را بر اساس قیمت و منبع‌ داروها و فرصت محدودی که در اختیار آن‌ها گذاشته‌شده است، وارد می‌کنند تا کمبودی در کشور احساس نشود .  پزشکانی که  خارج از فهرست دارویی کشور، دارویی را تجویز کنند، در انجام وظیفه خود  مرتکب تخلف شده اند . تخلفات داروخانه ها در کشور ما بعضی از مردم بی‌پروا دارو مصرف می‌کنند و برخی از داروخانه‌ها، داروها را بدون نسخه پزشک به‌طور آزاد در اختیار مردم قرار می‌دهند و این هم می‌تواند یکی از تخلفات در این حوزه باشد.  از دیگر تخلفات داروخانه‌ها، می‌توان به رعایت نکردن قیمت دارو و یا خدمات دارویی اشاره کرد. در برخی از داروخانه‌ها بعضی از فرآورده‌های بهداشتی و آرایشی برچسب اصالت ندارد و برخی از داروها و مکمل آن به‌صورت قاچاق به فروش می‌رسد و یا ممکن است مسئول فنی در داروخانه غیبت داشته باشد که این‌ها می‌تواند از موارد تخلف در داروخانه‌ها باشد که باید توسط سازمان غذا و دارو رسیدگی شود. سامانه تیتک   در برخی از داروخانه‌ها بعضی از فرآورده‌های بهداشتی و آرایشی برچسب اصالت ندارد و برخی از داروها و مکمل آن به‌صورت قاچاق به فروش می‌رسد و یا ممکن است مسئول فنی در داروخانه غیبت داشته باشد که این‌ها می‌تواند از موارد تخلف در داروخانه‌ها باشد که باید توسط سازمان غذا و دارو رسیدگی شود. محسن جلواتی قائم‌مقام سازمان مردم‌نهاد، مهم‌ترین زمینه‌ساز تخلف در سازمان غذا و دارو را «سامانه تیتک» می‌داند. ایشان گفته‌اند مثلاً دارویی که واردات آن ممنوع است در این سامانه ثبت‌شده است و برای آن ارز در نظر گرفته‌شده است. مثلاً کار پول‌های بی‌حسی دندان، لیدوکائین که 120 درصد نیاز آن، در کشور تولید می‌شود ولی با فشار آوردن به سازمان غذا و دارو، این دارو از کلمبیا و اسپانیا وارد کشور شد. جالب اینجاست که در گزارشی که آمده است نماینده این سازمان نوشته است که این دارو تولید داخل ندارد. تخلفات مواد غذایی و آشامیدنی  در سازمان غذا و دارو علاوه بر اینکه در حوزه دارو و واردات آن ممکن است تخلفاتی صورت گیرد، درزمینهٔ مواد غذایی و آشامیدنی و لوازم بهداشتی هم ممکن است مشکلاتی به وجود بیاید. این سازمان باید بر مواد غذایی که ترکیبات غیرمعمول در آن به‌کار رفته و تائید نشده است نظارت داشته باشد، در غیر این صورت تائید این مواد غذایی تخلف محسوب می‌شود. همچنین باید باعرضه کنندگان مواد غذایی حرام برخورد داشته باشد و مواد غذایی و بهداشتی که تاریخ آن گذشته باشد یا مجوز بهداشت و سیب سلامت نداشته باشد را جمع‌آوری نماید و بر مواد غذایی که مضر هستند و دارای عارضه و پیامدهای بهداشتی هستند نظارت داشته باشد، در غیر این صورت این سازمان دچار تخلف می‌شود.