تحصيلات آيت الله سيد محمد تا 11 سالگي از محضر پدر بزرگوار و جد علمي اش بهره بردو در سال 1375 هجري قمري وارد حوزه علميه نجف گرديد و در همان سال به کسوت روحانيت درآمد. اساتيد دوره مقدماتي او عبارتند از: پدرش سيد محمد صادق صدر شيخ حسن طراد عاملي سيد محمد تقي حکيم شيخ محمد تقي ايرواني دانشکده فقه آيت الله سيد محمد دروس مقدماتي حوزه را با موفقيت پشت سر گذراند و در سال 1379 هجري قمري وارد دانشکده فقه نجف گرديد و از اساتيد معظم و بزرگواري چون سيد محمد رضا مظفر، سيد محمد تقي حکيم استاد اصول و فقه مقارن،محمد تقي ايرواني استاد فقه استدلالي، سيد عبدالوهاب کربلايي استاد زبان انگليسي،دکتر حاتم کعبي استاد روان شناسي و دکتر فاضل استاد تاريخ کسب فيض کرد. آيت الله سيد محمد از دانشجويان موفق و ممتاز بود وي درس زبان انگليسي را با موفقيت چشم گيري پشت سرگذراند و به حدي پيشرفت کرد که انگليسي را به راحتي صحبت مي کرد. آيت الله سيد محمد صدر پس از چهار سال تحصيل سرانجام در سال 1383 هجري قمري از دانشکده فقه با موفقيت فارغ التحصيل شد. آيت الله سيد محمدصدر در دانشکده با دانشجويان زيادي ارتباط علمي داشت و از بهترين دوستان او در اين دوره مي توان به: دکتر احمد وائلي،مصطفي جمال الدين، عدنان بکاء، احمد زکي امين، احمد قيسي و مسلم جابري اشاره کرد. استادان سطح آيت الله سيد محمدصدر پس از فارغ التحصيل شدن از دانشکده فقه، به حوزه علميه برگشت و دروس حوزه را ادامه داد. وي کتاب کفايه را نزد پسر عمويش شهيد سيد محمد باقر صدر و کتاب مکاسب را نزد سيد محمد تقي حکيم آموخت. حضور در محضر اين دو استاد بزرگ حوزه، اثر عميقي بر روح و جان او گذاشت و پايه هاي علمي خود را نزد آنها، مستحکم کرد. با پايان يافتن دروس سطح، سيد محمد در درس خارج فقه و اصول شرکت کرد. منبع: کتاب گلشن ابرار تهيه: گروه حوزه علميه