در عصر صفويه
از آن زمان تا ظهور خاندان صوفي(245)بارگاه به همان وضعي كه نگاشتيم بود، نه ضريحي بود و نه ايوان هاي باشكوهي كه اكنون ديده مي شود، و نه صحن كهنه و نو.تعميرات مهم آستانه مقدسه حضرت معصومه از زمان سلطنت خاندان صفوي شروع شد.
در سال 925 قمري شاه اسماعيل اول، ايوان قسمت شمالي(ايوان طلا) را ساخت، و شالوده صحن كهنه(كوچك) را ريخت، پس از او شاه طهماسب اول براي مرقد ضريحي از كاشي درست كرد و نيز بناي تاريخي ايوان جنوب مدرسه فيضيه را كه به صحن كهنه چسبيده است ساخت. در سال 1077 شاه صفي صحن زنانه را ـ كه اكنون به صورت محلوطه سرپوشيده به نام مسجد طباطبائي است و سابقاً سقف و گنبد نداشته است ـ ساخت كه در سمت جنوبي آستانه است، اين صحن براي مقبره شاه عباس و شاه سليمان و شاه سلطان حسين راه مخصوصي شد.
سپس شاه عباس ضريحي از فولاد سفيد، ترتيب داد، و ضريح فعلي همان ضريح فولادي است كه صفحه هايي از نقره را بر آن افزوده اند.