وی در سال ۱۳۱۲ در یکی از محلههای قدیمی شهر کرمان به نام محله شهر دیده به جهان گشود. به دنبال برکناری بنی صدر از مقام ریاست جمهوری و انتخاب محمد علی رجایی به عنوان ریاست جمهوری، بنا به پیشنهاد رجایی، باهنر (که پس از کشتهشدن بهشتی در یک بمبگذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی به سمت دبیر کلی آن حزب انتخاب شده بود)در سال ۱۳۶۰ به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی گردید. و مجلس نیز به نخست وزیر و وزرای وی رأی اعتماد داد. باهنر در ۸ شهریور ۱۳۶۰ خورشیدی به همراه رجایی و چندی از سایر مقامات جمهوری اسلامی، در یک بمب گذاری که جمهوری اسلامی مسئول آنرا سازمان مجاهدین خلق میداند، کشته شد.