کتب علامه شهید در قم:

1ـ کتاب "الاجارة":

که به طور مبسوط در دو دفتر به رشته تحریر درآمده است.

2ـ کتاب"القواعد الحکمیّة":

این کتاب درباره قواعد کلی فلسفی است که ظاهراً مفصل و بزرگ بوده، و بهمین دلیل در بسیاری از نوشته های شهید، نامی از این کتاب برده شده، مطالب گوناگون فلسفی به این کتاب ارجاع شده است.

3ـ کتاب"القواعد الفقهیة":

ظاهراً علامه شهید تعدادی از قواعد فقهیه را بطور جداگانه مورد بحث و دقت نظر قرار داده اند، و در نوشته های خود به وجود چنین یادداشتهایی اشاره می کنند که از آن جمله قاعدؤ"لاضرر" و"لاتعاد" را می توان شمرد.

4ـ "حاشیه بر الاسفار الاربعة":

نویسنده این حواشی درسهای اسفار خویش را در نزد اساتید بزرگ فن زمان خود تحصیل کرده است.

ایشان قسمتی از اسفار را در نزد آیت اللّه آقای "سید ابوالحسن رفیعی قزوینی" آموخته است، استادی که امام راحل(ره) در جوانی بین سالهای 1304 ـ 1308هـ.ش در محضر ایشان، به تحصیل شرح منظومه اشتغال داشته اند و ایشان را در تبیین مطالب آن کتاب با توصیف "نهایت خوبی" ستوده اند.

شهید قسمت دیگری از اسفار را نزد علامه اکبر، فیلسوف عصر، عارف واصل، حضرت امام راحل ـ حشره اللّه مع النبی الاکرم ـ آموخته اند و در ضمن تحصیل، متن کتاب را تصحیح، و بر حواشی آن نکات تحقیقی و نظرات خویش را تحریر کرده اند.

5 ـ حاشیه بر" المبدا والمعاد" نوشته صدرالمتالهین:

این حواشی علاوه بر آنکه چندان زیاد نیست، متاسفانه در هنگام تجدید صحافی قسمت اعظم آن از بین رفته و غیرقابل استفاده شده است.

6ـ رساله ای در بحث قضای صلوات.

7ـ رساله ای در بحث"الخلل فی الصلاة":

این رساله در قم نوشته شده و در دسترس نمی باشد، البته رساله دیگری نیز به همین نام در نجف اشرف نوشته شده است که در ادامه این مقاله درباره آن توضیحاتی داده خواهد شد.

8ـ الفوائد الرجالیة:

این کتاب در مورد بعضی بحثهای رجالی نوشته شده است که نویسنده در کتب خود به آن مباحث ارجاع می دهد.

بدیهی است تعیین مباحث و فهارس احتمالی کتب مفقوده شهید، نیازمند فحصی کامل در دیگر آثار اوست که امید است چنین کوششی از سوی طلاب علاقه مند صورت پذیرد.