آیت اللّه بهجت ، اشارات ابن سینا و اسفار ملا صدرا را نزد مرحوم آیت الله سید حسین باد کوبه اى فرا گرفته است .
ایشان بعد از تکمیل دروس ، در سال 1363 ه .ق . موافق با 1324 ه .ش .، به ایران مراجعت کرده و چند ماهى در موطن خود فومن اقامت گزید و بعداً در حالى که آماده بازگشت به حوزه علمیه نجف اشرف بود، قصد زیارت حرم مطّهر حضرت معصومه علیهاالسّلام و اطّلاع یافتن از وضعیّت حوزه قم را کرد، ولى در طول چند ماهى که در قم توقّف کرده بود، خبر رحلت استادان بزرگ نجف ، یکى پس از دیگرى شنیده مى شد، لذا ایشان تصمیم گرفت که در شهر مقدس قم اقامت کند. (9)
در قم از محضر آیت الله العظمى حجت کوه کمره اى استفاده کرده و در بین شاگردان آن فقید سعید درخشید. چند ماهى از اقامت حضرت آیة الله العظمى بروجردى در قم نگذشته بود که آیت اللّه بهجت وارد قم شد، و همچون حضرات آیات عظام امام خمینى ، گلپایگانى و... به درس فقید سعید مرحوم بروجردى حاضر شد. (10)
آیت الله مصباح در این باره مى گوید: « آیت الله بهجت از همان زمانى که مرحوم آیت الله بروجردى قدّس سرّه در قم درس شروع کرده بودند از شاگردان برجسته و از مُسْتَشْکِلین معروف و مبرّز درس ایشان بودند. معمولا استادانى که درس خارج مى گویند، در میان شاگردانشان یکى دو سه نفر هستند که ضمن اینکه بیش از همه مطالب را ضبط مى کنند احیاناً اشکالاتى به نظرشان مى رسد که مطرح و پى گیرى مى کنند تا مسائل کاملاً حل شود، اینان از دیگران دقیق ترند، و اشکالاتشان علمى تر و نیاز به غور و بررسى بیشترى دارد، و ایشان در آن زمان چنین موقعیّتى را در درس مرحوم آیت الله بروجردى داشتند. »