طبیبیان معتقد است طی این سال ها تنها روح حاکم بر برنامه های توسعه تاثیرگذار بوده اند و عملاً هیچ یک از برنامه‌ها آن‌گونه که باید اجرایی نشده‌اند. وی در کتاب "مردان جمهوری اسلامی چگونه تکنوکرات شدند؟" می گوید: «به نظر من هیچ یک از برنامه ها در کشور اجرا نشد. برخلاف برخی کشورهای دیگر هیچ‌یک از برنامه‌های اول و دوم و سوم و چهارم آن طور که فکر می‌کنید در اینجا اجرا نمی‌شود. اما همان روح تفکر کارشناسی که مطرح است، خود به خود تا حدودی اثر خود را می گذارد.»
این کارشناس سابق سازمان مدیریت با اشاره به فعالیت‌های صورت گرفته در زمان حضورش در سازمان می‌گوید: «متأسفانه بعدها از این تجربیات استفاده نشد. مثلاً در دوره آقای خاتمی، ایشان متوجه اصل مطلب نشد و به‌خصوص در برنامه چهارم گمان می کردند همین که یک کتاب بنویسند و در سیستم سیاسی به جریان بیاندازند و اسمش را بگذارند برنامه و موافقت گروه‌های مختلف را برای آن بگیرند و بعد تبدیل به یک سند مصوب شود، همه چیز درست می شود.»
او بر ناکامی دولت اصلاحات در رسیدگی به مشکلات جوانان و رفع معضل بیکاری صحه می گذارد و با اشاره به رویکرد پشت میزنشینی مدیران و بها ندادن به حرکت های بزرگ می گوید: «به همین دلیل بود که نتوانست حرکت اساسی در کشور ایجاد کرده و پاسخگوی جوانان بیکاری باشد که به صورت سیل وار به بازار کار هجوم می آوردند و همچنین جواب نیاز به توسعه منطقه ای را بدهد. شما وقتی می توانید این کار را انجام دهید که به حرکت های بزرگ سر و سامان دهید. این که در پایتخت بنشینید و یک کاغذ بنویسید و پای آن را مهر کنید و آدم های مهم هم پای آن را مهر کنند و فکر کنند کار تمام شد، نیست. کار خیلی سخت تر از این هاست.»
سید محمد طبیبیان همچنین به روی کار آمدن میرزاده در اواخر دولت سازندگی اشاره می کند و می گوید:«حقیقتاً از آن به بعد یعنی در دوره ایشان چیزی به نام کار کارشناسی معنا نداشت. یک برنامه ایران 1400 تهیه کردند که به قدری عجیب بود که خودشان مجبور شدند آن را جمع کنند. اگر الآن دنبال آن بگردید، یک نسخه هم از آن پیدا نمی کنید. در آن دوره هیچ کار کارشناسی انجام نمی شد و دستگاه سازمان برنامه تبدیل به جایی برای پول پرداخت کردن به مراکز مختلف شده بود.»
طبیبیان با اشاره به دو مقطع زمانی که رویکرد سیاسی بر سازمان حاکم بوده است، ادامه می دهد: «در این دو مقطعی که دید سیاسی مسلط بود یعنی در دوره آقای میرزاده و ستاری فر در زمان آقای خاتمی، نتیجه حاصله این بود که هزینه های جاری به شدت رشد کرد و دستگاه هایی که قدرت سیاسی داشتند، به شدت توسعه یافتند. فعالیت های زیربنایی از رشد واپس ماندند و حرکاتی که از طریق آن سازمان برنامه معمولا کشور را به جلو می راند، دیگر ظاهر نشد. مثلاً برنامه سوم را آقای دکتر نجفی و دکتر نیلی نوشتند، لیکن آقای خاتمی آماده تحمل آنها نبود.»
او همچنین می افزاید: «اگر برنامه چهارم را نگاه کنید، می بینید کسانی که پس از دکتر نجفی بر سر کار آمدند، نیتشان این بود که برنامه سوم را متوقف کنند. متأسفانه این تجربه برای ما حاصل شده بود و من هم در آن زمان گفتم که دستگاه برنامه ریزی کشور باید صرفاً یک دستگاه برنامه ریزی و کارشناسی بدون ملاحظه هیچ کس و هیچ مقام سیاسی باشد. اما کاملاً برعکس شد. نیروهایی که جمع شده بودند و تجربه ای که کسب کرده بودند، پراکنده شدند و به حاشیه رانده شدند.»