درطب نتروپت خوردن هسته های هندوانه اهمیت زیادی دارد، بدین صورت که هسته را همراه هندوانه درمخلوط کن ریخته تا هسته ها در آب هندوانه خرد شوند. شخصی که آب هندوانه را با هسته خردشده میل کند و هسته را خوب بجود، کمک زیادی به پاک کردن روده می کند. برای افرادی که یبوست دارند، خوردن آب هندوانه به این ترتیب و آب ولرم بلافاصله بعد از آب هندوانه در حالت ناشتا بسیار مفید است چون درمان یبوست با مصرف فیبرومایعات با هم، امکان پذیر است که هر دو در هندوانه موجود است.