او در خانواده‌اى کشاورز به دنیا آمد. پدرش حاج على کشاورز ساده‌اى بود که در کنار کار روزانه‌اش با کتاب و کتابخانه دمساز، و معلم اخلاق و مدرس قرآن بود. منتظرى از هفت سالگى آموختن را با ادبیات فارسى و سپس صرف و نحو عربى آغاز کرد، و در سن ۱۲ سالگى به حوزهٔ علمیهٔ اصفهان وارد شده و در سن ۱۹ سالگى اصفهان را برای ادامهٔ تحصیل ترک کرد و به قم آمد.
پس از رحلت آیت‌الله بروجردى (در سال ۱۳۴۰ خورشیدی) نظر بسیارى از بزرگان و اساتید حوزهٔ علمیه متوجه چند نفر از علما منجمله آیت‌الله گلپایگانی، آیت‌الله شریعتمداری، آیت‌الله مرعشی نجفی و آیت‌الله خمینی گردید. از جمله آیت‌الله منتظرى و آیت‌الله مطهری قائل به اعلمیت خمینی بوده و زعامت وی را به صلاح اسلام و مسلمین تشخیص دادند.
در عید نوروز سال ۱۳۴۵ به دنبال دستگیرى محمد منتظرى به دلیل پخش اعلامیه در حرم حضرت معصومه ساواک بی درنگ به سراغ آیت‌الله منتظرى رفته و مجدداً وی را بازداشت نمود و بالاخره اعتراض علما و روحانیون حوزهٔ علمیه موجب شد تا او پس از هفت ماه از زندان آزاد گردد.
آیت‌الله منتظرى چند ماه پس از آزادى از زندان جهت توسعه‌بخشى و تداوم جریان مبارزه ضرورتاً به طور مخفیانه براى زیارت عتبات در عراق و ملاقات با آیت‌الله خمینى راهى عراق شد، اما حکومت که از این سفر مطلع شده بود هنگام بازگشت از عراق او را در منطقهٔ مرزى دستگیر و روانهٔ زندان کرد، که پس از تحمل حدود پنج ماه زندان آزاد گردید.
رژیم در خارج از زندان نیز همیشه او را تحت نظر داشته و در زمان برگزارى جشنهاى تاجگذارى به عنوان راهکارى جدید تصمیم به تبعید وی به مسجد سلیمان گرفت، که این تبعید سه ماه به طول انجامید. پس از آن در مسجد سلیمان به منتظری ابلاغ کردند که نباید به قم برود، ولى او به قم مراجعت نمود و با وجود ممانعت شدید ساواک عدهٔ زیادى از علما، اساتید و طلاب حوزهٔ علمیه با او دیدار کردند؛ تا اینکه از ناحیهٔ ساواک او را به نجف‌آباد منتقل نموده و در آنجا تحت مراقبت شدید قرار دادند.
هنوز چند ماهى از پایان تبعید به مسجد سلیمان و انتقال به نجف‌آباد نگذشته بود که به دلیل ادامهٔ فعالیت‌هاى سیاسی آیت‌الله منتظرى - بویژه در خطبه‌هاى نماز جمعه که او آن را در نجف‌آباد پایه‌گذارى کرده بود - ساواک مجددا او را دستگیر و پس از محاکمه به سه سال زندان و در دادگاه تجدید نظر به یک سال ونیم زندان محکوم کرد و به زندان قصر انتقال داد.
آیت‌الله منتظرى پس از سپرى کردن دوران محکومیت، در اردیبهشت ۱۳۴۹ آزاد و راهى قم گردید؛ ولى حکومت مایل به حضور او در میان طلاب و علماى حوزهٔ علمیهٔ قم نبود و دوباره وى را به زادگاه خود تبعید نمود. او در نجف‌آباد به فعالیت‌هاى خود ادامه داده و در ضمن ایراد خطبه‌هاى نماز جمعه و سخنرانی‌هاى خود از حکومت شاهنشاهی انتقاد مىنمود. هجوم جمعیت در روزهاى جمعه از شهرهاى دور و نزدیک به نجف‌آباد به اندازه‌اى بود که این شهر به عنوان دومین پایگاه انقلاب بعد از قم درآمده بود و گزارش ساواک اصفهان در مورد آن چنین بود: «نماز جمعهٔ منتظرى یک پایگاه سیاسى براى مبارزه با رژیم است.» مدت تبعید به نجف‌آباد مجموعاً حدود سه سال به طول انجامید.
بار دیگر رژیم حضور منتظرى در زادگاه خود را تحمل نکرد و او را به سه سال تبعید در طبس محکوم نمود. حضور او در طبس باعث اجتماع مبارزین گردید. طبق گفتهٔ مقامات امنیتى شهر طبس، در طول اقامت منتظری علاوه بر مردم شهر، نزدیک به پنجاه هزار نفر از مردم شهرهاى دیگر ایران براى دیدار با او وارد طبس شدند؛ که همین رقم بزرگ دیدارکننده موجب نگرانی ساواک و انتقال او از طبس پس از گذشت یک سال گردید. از جمله اقدامات مهم منتظرى در طبس، نامهٔ سرگشاده به علما و مردم ایران در مورد اتحاد علیه «امپریالیسم و صهیونیسم» (آمریکا و اسرائیل) بود، که خشم رژیم را برانگیخت و طبق اسناد به جاى مانده از ساواک عدهٔ زیادى - از جمله رهبر کنونی جمهوری اسلامی آیت‌الله علی خامنه‌اى - به جرم توزیع این اعلامیه دستگیر و یا تحت تعقیب قرار گرفتند.
تسلیم ناپذیرى منتظری و پافشاری وی در فعالیت‌های سیاسی چنان شد که در اواسط سال ۱۳۵۳ رژیم به تبعید مجدد وى تصمیم گرفت و او را از طبس به خلخال تبعید نمود. از آنجا که زبان مردم آن سامان آذربایجانى بود نفوذ منتظرى در آغاز سرعت چندانى نیافت، اما اختلاف زبان نیز منجر به سکوت و سکون وی نشد، و بالاخره یکى از امام جماعت‌هاى آن شهر مسجد خود را در اختیار او قرار داد. این مسجد نوساز که توسط هیأت امنا اداره مى‌شد، مکان مناسبى جهت بسط و گسترش اندیشه‌هاى اسلام‌گرائی گردید. منتظری نماز در آن مسجد را آغاز کرد و همچون سایر تبعیدگاه‌هاى خویش در بین نماز تفسیر قرآن مىگفت. به تدریج تعداد نمازگزاران بیشتر و فضاى مسجد براى تبلیغ نهضت اسلامى آماده‌تر مى‌شد. مأموران رژیم از بى‌باکى غیرمنتظرهٔ تبعیدى به نگرانی افتاده و از راه‌هاى مختلف در جهت تضعیف منتظرى کوشیدند و در نهایت پس از گذشت حدود چهار ماه او را به تبعیدگاه سقز منتقل نمودند.
در تبعیدگاه سقز - با وجود زمستانى بسیار سخت و حداقل امکانات شهرى - منتظرى آخرین دوران تبعید خویش را گذراند. با وجود دورى از شاگردان و دوستان و اختلاف با مردم بومى منطقه از نظر مذهب و زبان، ساواک از دیدار مردم با وی دچار نگرانى شده و از مرکز خواستار تصمیم‌گیرى در این زمینه شد؛ از طرف دیگر در ارتباط با برگزارى مراسم سالگرد پانزده خرداد در مدرسهٔ فیضیهٔ قم که ده‌ها نفر از دوستان و شاگردان او دستگیر شده و ساواک به ارتباط دستگیرشدگان با منتظرى پى برده بود، تصمیم به بازداشت و انتقال او به تهران گرفت.
در تیرماه ۱۳۵۴ آیت‌الله منتظرى را از تبعیدگاه سقز روانهٔ زندان نمودند. ابتدا او را به بازداشتگاه کمیتهٔ مشترک تهران بردند و فرداى آن روز روانهٔ زندان اوین کردند. در اوین مدت شش ماه را در سلول انفرادى گذراند. در این بازداشتگاه‌ها با فشارهاى روحى و جسمى روبرو گردید. در زیر همین فشارها و شکنجه‌ها بود که شکنجه‌گر «ازغندى» به او گفته بود: «علت این که تو را از حوزه دور نگه مىداریم و از این طرف به آن طرف مىفرستیم این است که یک خمینى دیگر به وجود نیاید».
پس از شش ماه بلاتکلیفى در زندان اوین بالاخره در یک دادگاه نظامى به اتهام کمک به جنبش اسلامى و خانوادهٔ زندانیان سیاسى و اقدام براى تشکیل حکومت اسلامى، به ده سال زندان محکوم گردید؛ اما در زندان نیز همراه رهبرانى همچون آیت‌الله طالقانى به فعالیت‌هاى جنبش اسلامى و سیاسى ادامه داد. با اینکه در زندان از بیماریهاى مختلف رنج مىبرد، خارج بحث «خمس» و متن «اسفار» و کتاب طهارت را براى زندانیان تدریس نمود و شخصیت‌هاى اسلامی زندانى همچون آیت‌الله طالقانى و آیت‌الله مهدوى کنى در مجالس بحث او حاضر مىشدند.
منتظرى در زندان اوین نیز نماز جمعه را اقامه نمود و بسیاری از زندانیان سیاسى مسلمان از جمله آقایان طالقانى، مهدوى کنى، هاشمى رفسنجانى، لاهوتى و دیگران در نماز جمعه حاضر مىشدند؛ هرچند ساواک پس از مدتى مانع اقامهٔ آن شد.
سرانجام با اوجگیرى مبارزات و عقب‌نشینى‌هاى پى درپى حکومت پهلوی، منتظرى پس از گذراندن حدود سه سال ونیم از دوران محکومیت به همراه آیت‌الله طالقانى در هشتم آبان ۱۳۵۷ از زندان آزاد شد و مورد استقبال چشمگیر مردم قرار گرفت.
در پیامى که خمینى خطاب به منتظرى به مناسبت آزادى وی صادر کرد اینچنین آمده: «هیچ از دستگاه جبار جنایتکار تعجب نیست که مثل جنابعالى شخصیت بزرگوار خدمتگزار به اسلام و ملت را سال‌ها از آزادى، ابتدایى‌ترین حقوق بشر محروم، و با شکنجه‌هاى قرون‌وسطایى با او و سایر علماى مذهب و رجال آزادیخواه رفتار کند. خیانتکاران به کشور و ملت از سایهٔ مثل شما رجال عدالتخواه مىترسند. باید رجال دین و سیاست در بند باشند تا براى اجانب و بستگان آنان هرچه بیشتر راه چپاول بیت المال و ذخائر کشور باز باشد.»
میزان مقبولیت و محوریت منتظرى در مبارزه و انقلاب تا آنجا بود که خمینى در زمان تبعید، او را به عنوان نمایندهٔ تام الاختیار خویش در ایران منصوب کرد و در نامه‌اى از وی خواست که بر جریانات بیت او در قم اشراف داشته باشد؛ و دربارهٔ او با تعابیرى همچون «فقیه عالیقدر»، «مجاهد بزرگوار»، «حاصل عمر من»، «ذخیرهٔ انقلاب» و «برج بلند اسلام» یاد مىکرد و حیثیت او را «واجب المراعات» دانسته و پس از پیروزى انقلاب بسیارى از مسائل فقهى و سیاسى مربوط به قوهٔ قضائیه و وزارتخانه‌ها را به او ارجاع مىداد. در پائیز سال ۱۳۵۷ زمانی که آیت‌الله خمینی در نوفل لوشاتو در پاریس به سر می‌برد، آیت‌الله منتظری به پاریس سفر کرد و در خصوص جنبش انقلاب و شکل‌گیری حکومت اسلامی در ایران با خمینی مشورت نموده و دستورهای رهبر انقلاب را دریافت کرد.
منتظری که از جانب مخالفین و منتقدین انقلاب اسلامی به «گربه نره» شهرت یافته بود ریاست خبرگان قانون اساسی را به عهده داشت و در تدوین قانون اساسی جمهوری اسلامی نقش مهمی را ایفا کرد. از جمله وی از عوامل کلیدی در گنجاندن اصل ولایت فقیه در قانون اساسی به شمار می‌رود.
پس از انقلاب، محمد منتظری (معروف به «ممّد رینگو») از چهره‌های بانفوذ و پرحرکت انقلابی به شمار می‌آمد. در نتیجهٔ درگیری خونینی که بین نیروهای وفادار به خمینی و سازمان مجاهدین خلق در سال ۱۳۶۰ رخ داد، تعداد زیادی از کادرهای رده‌بالای انقلاب - که شامل آیت‌الله محمد بهشتی، رئیس جمهور محمد علی رجائی و نخست وزیر محمد جواد باهنر بود - در اثر دو بمب‌گذاری کشته شدند. از دیگر قربانیان این بمب‌گذاری‌ها محمد منتظری بود.
در سال ۱۳۶۴ مجلس خبرگان رهبری با نظر به ادامهٔ رهبریت پس از وفات آیت‌الله خمینی تصمیم گرفت آیت‌الله منتظری را به عنوان قائم‌مقام خمینی معرفی و اعلام کند. ولی پس از بروز اختلافات به دلیل انتقادات منتظری بخصوص از اعدام‌های زندانیان در سال ۱۳۶۷ نظر خمینی از قائم‌مقام خویش برگشت و در آخرین نامه‌اى که به خمینی منسوب شده است او را «ساده‌لوح» خوانده و نوشت: «شما پس از این وکیل من نمی‌باشید.»
پس از بازداشت مهدی هاشمی، برادر داماد منتظری، او به نشانه‌ٔ اعتراض درس‌های خود را تعطیل کرد. مهدی هاشمی که در افشای قضیهٔ ایران-کنترا نقش مهمی داشت به دلیل یک سری اتهامات مجرم شناخته شده و در سال ۱۳۶۶ اعدام شد. تلاش‌های منتظری برای نجات او، که برادر داماد او بود، بی‌ثمر ماند.
از سوی دیگر مخالفان سیاسی منتظری که توان تحمل انتقادات و برخوردهاى او را نداشتند - اشخاصی مانند احمد خمینی، هاشمی رفسنجانی و علی خامنه‌ای - در پى حذف کامل آیت‌الله منتظرى از صحنه‌هاى سیاسى و اجتماعى انقلاب برآمدند. این برنامه با جوسازى نزد خمینى علیه منتظرى شروع گردید، و پس از دو سال ادامه این روند با ارسال نامه‌اى از بیت رهبر در تاریخ ۱۳۶۸/۱/۶ به منتظرى وارد مرحلهٔ تازه‌اى شد، و سپس جواب او در جهت واگذارى رهبرى به انتخاب مجلس خبرگان به وسیلهٔ نامه‌اى در تاریخ ۱۳۶۸/۱/۷ و نهایتاً اعلام برکنارى آیت‌الله منتظرى از قائم‌مقامى رهبرى (تحت عنوان استعفاى او) توسط رسانه‌هاى جمعى همزمان با نامهٔ خمینی در تاریخ ۱۳۶۸/۱/۸ منتشر شد
به دنبال این مسأله بلافاصله ادامهٔ اقدامات به شکل تخریب دیوار و حصار اطراف بیت، محو و حذف نام و عکس‌هاى منتظری از کتب درسى، ادارات دولتى و معابر عمومى، تغییر نام خیابان‌ها و اماکنى که به نام آیت‌الله منتظرى نامگذارى شده بود و جمع‌آورى رساله و تألیفات او و مزاحمت نسبت به بسیارى از شاگردان و علاقه‌مندان او ادامه یافت. علاوه بر فعالیت‌هاى فیزیکى فوق، تخریب شخصیت آیت‌الله منتظرى نیز با نوشتن «رنجنامه» و «خاطرات سیاسى»، مقالات توهین‌آمیز در روزنامه‌ها، سخنرانى‌ها و بیانیه‌هاى اهانت‌آمیز از طریق رادیو و تلویزیون و در مجالس و خطبه‌هاى نماز جمعه به طور مکرر صورت مىگرفت؛ همه این موارد در حالى صورت مىگرفت که وی مجال دفاع از خود را نداشت و هیچ نشریه‌اى جرأت نمى‌کرد جمله‌اى در حمایت از وی بنویسد.
در اواخر سال ۱۳۶۸ با مطرح شدن مسألهٔ استقراض خارجى، منتظرى در سخنرانى اعتراضى این مطلب را عنوان کرد که «استقراض خارجى به ضرر مملکت است و به استقلال سیاسى و اجتماعى ما لطمه مىزند». این انتقاد موجب شد که عده‌اى به سوى بیت او هجوم آورند و پس از دادن شعارهاى توهین‌آمیز و کندن تابلوى دفتر منتظرى محل را ترک کنند.
در ۲۱ بهمن ۱۳۷۱ در سخنرانى به مناسبت سالگرد پیروزى انقلاب اسلامى در اعتراض به جو ارعاب و خفقانى که براى برخى از نیروهاى انقلابى پیش آورده و عده‌اى - از جمله فرمانده داوود کریمى - را دستگیر و زندانى نموده بودند، منتظری در دفاع از آنان اظهاراتى را در حدود یک ربع ساعت گفت. دو روز بعد عده‌اى در برابر بیت تجمع کرده و با سنگ‌پرانى و شعار ایجاد اغتشاش نمودند، و سپس صبح روز بعد به محل درس حمله کرده و عده‌اى از شاگردان او را مضروب و دستگیر کردند، و شب هنگام در ساعت ده شب حدود هزار نفر نیروى نظامى با قطع برق و تلفن‌ها و با محاصرهٔ کامل منطقه با کندن درب‌ها به وسیلهٔ جرثقیل و شکستن شیشه‌ها به دفتر و حسینیهٔ وی حمله کرده و پس از این تهاجم آرشیو دفتر و اموال زیادى را به غارت بردند.
در سال ۱۳۷۳ (پس از درگذشت آیت‌الله اراکى) بار دیگر مسألهٔ مرجعیت آیت الله منتظرى توسط عده‌اى از علماى حوزه عنوان گردید؛ پس از سخنرانى رهبر در واکنش به این موضوع، حملهٔ گروه‌هاى فشار به بیت منتظری صورت گرفت، و فرداى آن روز یورش مجدد به محل درس و شکستن تریبون و لوازم حسینیه و تهدید شاگردان انجام شد.
در روز ۲۳ آبان سال ۱۳۷۶ - به دلیل احساس خطر در رابطه با مسألهٔ مرجعیت شیعه و حکومتى شدن مرجعیت و دخالت ارگان‌هاى دولتى در آن - او در طی سخنرانى راجع به استقلال کامل قواى سه‌گانه، مسئول بودن کلیهٔ افراد در برابر قانون و رد فراقانونى بودن رهبرى و تأکید بر محدود بودن قدرت آن طبق قانون اساسى، آزادى عمل در انتخاب مرجعیت شیعه، و آزادى تشکل‌هاى حزبى و گروهى مطالبى را بیان کرد. این بار مخالفین با قدرت‌نمایى و اعزام نیروهایى از سپاه، اطلاعات و بسیج شهرستان‌هاى مختلف ضمن حمله به حسینیه و تخریب و اشغال آن، به منزل مسکونى و دفتر منتظری نیز یورش برده و با شکستن اثاثیه و پاره کردن اوراق و غارت مدارک خسارت زیادی وارد کردند. در حمله به منزل و محل سکونت وی، تعدادى از مسئولین سپاه پاسداران اصرار داشتند آیت‌الله منتظرى را به بهانهٔ حفظ جان به مکان نامعلومى انتقال دهند که با مخالفت وی روبرو شدند. حسینیه پس از چند روز که محل استقرار و مانور دادن اشغالگران بود، در حالى که به شکل مخروبه‌اى درآمده و هنوز هم به همان صورت باقى است به حکم دادگاه ویژهٔ روحانیت پلمب گردید؛ و پس از چند روز در یورشى مجدد و باز بنا به حکم دادگاه ویژه روحانیت - در زمان دادستانى آقاى رى شهرى - درب‌هاى ورودى به منزل منتظرى مسدود و جوش داده شد و تنها درب ورودى به قسمت داخلى منزل او را باز گذاشتند که این درب نیز به وسیلهٔ قراردادن کیوسک و گماردن نیروهاى سپاه پاسداران در جلوى آن به طور شبانه‌روزى کنترل مى‌شد و بیش از پنج سال ایشان جز با فرزندان و خواهر و برادران و نوه‌هاى خویش با شخص دیگرى اجازهٔ ملاقات نداشت.
کیوسک حصر در تاریکى شب پنج‌شنبه ۱۳۸۱/۱۱/۱۰ برداشته شد که از حضور خبرنگاران و تصویربرداران جلوگیرى شد.
نهایة الاصول (تقریر درس اصول مرحوم آیت الله العظمى بروجردى )
البدرالزاهر فى صلاة الجمعة و المسافر (تقریر درس فقه مرحوم آیت الله العظمى بروجردى )
دراسات فى ولایة الفقیه و فقه الدولة الاسلامیة در چهار جلد این کتاب به تصدى برخى شاگردان ایشان به فارسى ترجمه شده و ترجمه فارسى آن با نام "مبانى فقهى حکومت اسلامى " منتشر گردیده است ; و دو جلد آن هم به اردو ترجمه و چاپ شده است؛ همچنین خلاصه این اثر تحت عنوان "نظام الحکم فى الاسلام " در یک جلد به چاپ رسیده است
کتاب الزکوة در چهار جلد(راجع به زندگی آقای علی احمدی)مردی از دیار مغان
کتاب الخمس و الانفال
کتاب الحدود
دراسات فى المکاسب المحرمة در سه جلد
التعلیقة على العروة الوثقى
مباحث فقهى الصلوة، الغصب، الاجارة و الوصیة (تقریر درسهاى مرحوم آیت الله العظمى بروجردى )
مباحث استصحاب، تعادل و تراجیح (تقریر درسهاى مرحوم آیت الله العظمى خمینى )
درسهایى از نهج البلاغه در ده جلد که سه جلد آن تاکنون چاپ شده است
درسهایى از اصول کافى
مناظره مسلمان و بهایى
شرح خطبه فاطمه زهرا(س ) به زبان فارسى و اردو
از آغاز تا انجام (در گفتگوى دو دانشجو) به زبان فارسى و عربى
رساله توضیح المسائل به زبانهاى فارسى و عربى و اردو
رساله استفتائات در دو جلد
استفتائات مسائل ضمان
رساله حقوق
احکام پزشکى
معارف و احکام نوجوان
معارف و احکام بانوان
احکام و مناسک حج
اسلام دین فطرت
کتاب خاطرات در دو جلد
کتاب دیدگاهها در دو جلد
مجموعه سخنرانى ها، پیام ها، مصاحبه ها، خطبه هاى نمازجمعه تهران و قم ، که تاکنون ده جلد آن منتشر شده است.
مجموعه عظیمى از سخنرانى ها که در دیدار با مردم و به مناسبت هاى مختلف ایراد شده است.
او در کتاب معروف خاطرات خود به بیان بعضی ناگفته‌های اعدام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ پرداخته‌است.