با گذشت چند هفته ، اختلاف رییس جمهور و نخست وزیر بر سر مسایل و امور كشور باز هم بالا گرفت. امام خمینی در جای دیگر گفته بودند : با ورود در بازی ها ی سیاسی ، ناچار از خدمت به میهن عزیز خود باز خواهید ماند و به سوی شرق و غرب كشیده خواهید شد.

رویای شیرین ریاست

پس از پیروزی انقلاب اسلامی ،اولین انتخابات ریاست جمهوری در تاریخ 5 بهمن ماه سال 1358 برگزار شد و مردم « ابوالحسن بنی صدر » را به عنوان اولین ریاست جمهوری كشور انتخاب كردند. او پس از دریافت حكم تنفیذ ریاست جمهوری از امام خمینی ، در مجلس شورای اسلامی سوگند خورد و از آن پس رسما به كار مشغول شد. همزمان با آغاز به كار ریاست به جمهوری ،امام خمینی در تاریخ سی ام بهمن ماه 1358 ، بنی صدر را به عنوان فرمانده كل قوا منصوب كردند. ابوالحسن بنی صدر در آبان 1359 ، به دلیل شروع جنگ و تجاوز آشكار عراق به ایران ، ریاست عالی شورای دفاع را نیز برعهده گرفت. او با اختیاراتی كه به دست آورد ، بر امور جنگ احاطه پیدا كرد. وی رفته رفته دیدگاه های متفاوتی را نسبت به جمهوری اسلامی ابراز كرد و در تعیین نخست وزیر اختلافاتی به وجود آمد. سر انجام پس از بحث های گوناگون و مطرح شدن افراد مختلف، رییس جمهور ، محمد علی رجایی را به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی كرد ؛ ولی از همان زمان معلوم بود كه بین رییس جمهور و نخست وزیر هماهنگی وجود ندارد و موضوع اختلاف ، هنگام بحث بر سر انتخاب وزیران كابینه به خوبی آشكار شد.

از سویی دیگر ، بنی صدر كه فرماندهی كل قوا را هم برعهده داشت ،در جبهه ها از دادن امكانات به نیروهای سپاه و بسیج خودداری می كرد و اعتقادی به حضور موثر نیروهای مردمی در جنگ نداشت و می خواست تنها تكیه بر ارتش ، امور دفاع را پیش ببرد. كاملاً آشكار بود كه ارتش ایران به تنهایی نمی توانست با این دشمن مجهز و آماده ، مقابله كند ؛ زیرا نیروهای ارتش، در سال ها ی اول پیروزی انقلاب و قبل از باسازی كامل ارتش ، از نظر سازمانی و روحی ، انسجام لازم را نداشتند.همین مسأله باعث شده بود كه عراق در بیشتر جبهه ها پیشروی داشته باشد و روز به روز ضرورت حضور نیروهای مردمی در جبهه ها بیشتر می شد در پی اختلافات نخست وزیر  رجایی  و رییس جمهور  بنی صدر  بر سر اداره امور كشور و جنگ ، امام خمینی از همه خواستند كه اختلافات را كنار بگذارند و با آرامش و همكاری كشور را اداره كند.

با گذشت چند هفته ، اختلاف رییس جمهور و نخست وزیر بر سر مسایل و امور كشور باز هم بالا گرفت. امام خمینی در جای دیگر گفته بودند : با ورود در بازی ها ی سیاسی ، ناچار از خدمت به میهن عزیز خود باز خواهید ماند و به سوی شرق و غرب كشیده خواهید شد. عزیزان من توجه كنید كه افرادی از خدا بی خبر می خواهند شما را از هم جداسازند و سپس انقلاب را به تباهی بكشند و كشور را اسیر ابر قدرت ها كنند. در پانزدهم فروردین ماه 1360 ، برای رسیدگی به مسایل مورد اختلاف رییس جمهور و نخست وزیر ، هیأت سه نفری با حضور یك نماینده از سوی امام ( آیت الله مهدوی كنی ) ،یك نماینده از طرف قوای مقننه و قضاییه و نخست وزیر (آیت الله یزد ی) و نماینده ای از سوی رییس جمهور (حجت الاسلام اشراقی ،داماد امام ) تشكیل شد.

خرداد ماه / 1360 آقای رییس جمهور یك قدم از حدودش در قانون اساسی كنار برود، من با او مخالفت می كنم. اگر آقای نخست وزیر یك قدم از آن حدود كنار برود ، با او هم مخالفت می كنم. ... هی نگویید ملت با من است ، ملت با اسلام است.

هیأت سه نفره حل اختلاف ، پس ازبررسی اختلاف نظرهای رییس جمهور  بنی صدر  و نخست وزیر  رجایی  رییس جمهور را متخلف از « فرمان ده ماده ای امام» و قانون اساسی تشخیص داد. بنی صدر نامه ای شدید اللحن به « حجت الاسلام اشراقی » نمانیدة خود در هیأت سه نفره نوشت و عملاً از پذیرش رأی این هیأت خودداری كرد. به دنبال آن در تاریخ 20 خرداد ماه 1360 ، امام خمینی ، بنی صدر را از فرماندهی كل قوا بر كنار كردند.

بسم الله الرحمن الرحیم

ستاد مشترك نیروهای مسلح جمهور ی اسلامی ایران ، آقای ابوالحسن بنی صدر از فرماندهی نیروهای مسلح بر كنار شده اند.

با توجه به مسایل پیش آمده و بروز بعضی در گیری ها ، گروهی از نمایندگان بر اساس قانون اساسی، پیشنهاد عدم كفایت سیاسی ریاست جمهوری در امور كشور را مطرح كردند. به دنبال طرح موضوع در مجلس ، نمایندگان با 177 رأی مثبت ، 12 رأی ممتنع و یك رأی مخالف ، عدم كفایت سیاسی رییس جمهور را به تصویب رساندند. رهبر انقلاب ، امام خمینی ، در اول تیرماه با تأیید مصوبه مجلس در مورد عدم كفایت سیاسی رییس جمهور ، ابوالحسن بنی صدر از مقام ریاست جمهوری خلع كردند.